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Pode até conseguir porem é um pouco complicado e penso ser melhor contatar um contador. Como vai mesmo precisar de um contador se alterar para ME já vê logo um contador para fazer. O caminho para você desenquadrar seria:
1-Fazer o desenquadramento de MEI no portal do simples nacional;
2-Pedir o reconhecimento do MEI na junta comercial;
3-Fazer a alteração de MEI para ME (Empresário, sociedade limitada ou Eireli),
4-Depois já com a alteração em mãos faz o pedido do Alvará e Cadastro do ICMS ( em alguns estados já sai automatico)
é mais ou menos isso